L'allestimento permanente della collezione medievale
L'archeologia medievale istriana conobbe una fase particolarmente soddisfacente dopo la II guerra mondiale grazie all'entusiasmo dei ricercatori. Il che ben presto comportò la costituzione nell'ambito del Museo archeologico dell'Istria di una sezione medievale, a sua volta condizione prima per lo sviluppo dell'archeologia altomedievale e rispettivamente paleocroata in Istria. Vennero avviate importanti ricerche nei cimiteri e nei ruderi di edifici ecclesiastici, le quali, assieme al preesistente lapidario di monumenti sacri, resero possibile la presentazione al pubblico, con l'inaugurazione nel 1973 dell'allestimento permanente, dei risultati precedenti e dei nuovi ritrovamenti.
Nelle sale meridionali del pianoterra sono stati situati, accanto ai monumenti lapidei, i variopinti mosaici pavimentali paleocristiani provenienti da Nesazio e da Pola (S. Giovanni al Ninfeo, S. Felicita, S. Nicola). In esposizione soprattutto parti dell' arredo ecclesiastico (plutei, amboni, cibori, sarcofagi) e della relativa architettura (capitelli, transenne di finestre), in genere decorati con rilievi preromanici a intreccio, di epoca altomedievale, provenienti da Pola (complesso del duomo di S. Maria, S. Felicita, S. Giovanni al Ninfeo, S. Maria Formosa) e da altre chiese della Bassa Istria (S. Lorenzo presso Siana, S. Lucia presso Valsudiga e presso Stanzia Savolaga nel Gallesanese, S. Pellegrino a Fasana, S. Andrea – Bettica presso Barbariga, e dalle chiese di Guran, S. Quirino presso Dignano, S. Andrea presso Rovigno e S. Pietro presso Lavarigo e di Marzana).
Nelle ultime due sale dell'allestimento permanente (II piano) sono esposti i resti materiali provenienti da numerosi siti appartenenti a due diversi periodi culturologici: quello tardoantico-paleocristiano e quello delle immigrazioni altomedievali in Istria. Nella prima sala sono sistematizzati i reperti trovati in singoli sepolcri tardoantichi di Pola, nelle località viciniori (Schizzini, Betegenica, Porticchio, Fasana, Brioni) e nel resto dell'Istria (Zambrattia, Carpignano, Sossici, Roial), e si tratta di recipienti di ceramica, per lo più di fattura casalinga, e di oggetti di metallo (monili standardizzati, fibule, cinture decorative) del IV e V sec. Particolare rilievo viene dato ai reperti raccolti durante le esplorazioni nei cimiteri paleocristiani presso le chiese di S. Pietro nelle vicinanze di Duecastelli, S. Eliseo a Fasana, S. Maria a Brioni, e nella località di Francini nel Pisinese.
I monumenti funebri di Pola sono rappresentati da due pregevoli frammenti di sarcofago: da una lastra di marmo con oranti, proveniente dal Duomo, e da un timpano di calcare con raffigurazioni del defunto. Accanto alle lucerne decorate con simboli paleocristiani, sono in mostra le fotografie e le copie di oggetti estremanente preziosi ma irraggiungibili dell'arte paleocristiana: un reliquiario di avorio, già nella chiesa di S. Ermacora presso Stignano (oggi a Venezia), e due reliquiari (d'oro e d'argento), un tempo nella chiesa di S. Tommaso apostolo a Pola (oggi a Vienna).
I ritrovamenti risalenti al dominio ostrogoto a Pola sono rari (trovati nei cimiteri nei pressi dell'anfiteatro e di Porta Ercole). Il periodo della successiva riconquista giustinianea (VI sec.) è rappresentato dal frammento di un mosaico parietale della «Traditio legis» proveniente dalla basilica polese di Massimiano, cioè S. Maria Formosa, ma anche da oggetti della cultura materiale rinvenuti in insediamenti fortificati e in castri (Brioni, Sipar, Golzana vecchia).
Nella seconda sala, il periodo dell'amministrazione veterobizantina dell'Istria è illustrato in particolare dai risultati conseguiti nelle ricerche postbelliche nei grandi cimiteri collinari nelle vicinanze di Cittanova, Montona e Pinguente (Celega, S. Pancrazio, Veli Mlun, Mejica). Vengono presentati i complessi cimiteriali con relativi corredi (vasellame ceramico, perline vitree di collane, fibbie di bronzo per cinture, orecchini, bracciali, coltelli, acciarini, punte di freccia), appartenenti ai nuovi immigrati, le popolazioni slave. Sono oggetti che denunciano modesti prodromi di cristianizzazione (VII-VIII sec.). Per il periodo del dominio franco in Istria si possono ammirare gioielli d'argento e di bronzo (anelli, orecchini) trovati nel grande cimitero paleocroato di Gimino (VIII-X sec.) e nel cimitero presso la Porta Piccola di Pinguente (IX sec.).
Nell'ultima parte dell'allestimento si trova lo scrigno d'avorio di Pirano, un lavoro bizantino decorato con scene dionisiache (IX-X sec.). Infine, il tratto espositivo conclusivo è dedicato allo sviluppo del glagolitico, che nella regione istro-quarnerina ha lasciato significative testimonianze di scrittura paleocroata (XI e XII sec.), come la Lapide di Vallona, il Frammento di Gherdosello, la Lapide di Besca e l'iscrizione di Fianona.